Ogłoszenie nr 550100121-N-2020 z dnia 08-06-2020 r.

Gdańsk: Dostawa wysokowydajnego systemu akwizycji danych dla Międzynarodowego Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi Uniwersytetu Gdańskiego. OGŁOSZENIE O ZAMIARZE ZAWARCIA UMOWY -

Zamówienie dotyczy projektu lub programu współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej

nie

Postępowanie przeprowadza centralny zamawiający

nie

Postępowanie przeprowadza podmiot, któremu zamawiający powierzył/powierzyli przeprowadzenie postępowania

nie

Postępowanie jest przeprowadzane wspólnie przez zamawiających

nie

Postępowanie jest przeprowadzane wspólnie z zamawiającymi z innych państw członkowskich Unii Europejskiej

nie

Informacje dodatkowe:

SEKCJA I: ZAMAWIAJĄCY

I. 1) NAZWA I ADRES: Uniwersytet Gdański, Krajowy numer identyfikacyjny 000001330, ul. ul. Bażyńskiego 8, 80-309 Gdańsk, woj. pomorskie, państwo Polska, tel. 58 523 23 20, e-mail sekretariatdzp@ug.edu.pl, faks 58 523 31 10.
Adres strony internetowej (url): https://ug.edu.pl

I. 2) RODZAJ ZAMAWIAJĄCEGO:

Podmiot prawa publicznego

SEKCJA II: PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA

II.1) Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego: Dostawa wysokowydajnego systemu akwizycji danych dla Międzynarodowego Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi Uniwersytetu Gdańskiego.
Numer referencyjny J711.291.1.40.2020.ER

Przed wszczęciem postępowania o udzielenie zamówienia nie przeprowadzono dialogu technicznego

II.2) Rodzaj zamówienia

Dostawy

II.3) Informacja o możliwości składania ofert częściowych:
Zamówienie podzielone jest na części:

Nie

II.4) Krótki opis przedmiotu zamówienia (wielkość, zakres, rodzaj i ilość dostaw, usług lub robót budowlanych lub określenie zapotrzebowania i wymagań):
Określenie wielkości lub zakresu zamówienia: 1. Wydajny system akwizycji danych: o System DAQ powinien być połączony z pojedynczym przyrządem FTMS Orbitrap, na przykład serią LTQ Orbitrap lub serią Q Exactive, w celu pozyskiwania danych równolegle z konwencjonalnym systemem akwizycji; o System DAQ powinien obsługiwać pozyskiwanie widm masowych w trybie absorpcji transformacji Fouriera z spektrometru masowego FTMS Orbitrap; o System DAQ powinien obsługiwać pełne wykrywanie stanów nieustalonych (tj. Wykrywanie jonów równolegle do procesów napowietrznych, takich jak akumulacja jonów i fragmentacja w urządzeniach zewnętrznych) w celu zwiększenia czułości, rozdzielczości i cyklu pracy; o System DAQ powinien posiadać interfejs programowy do formatu pliku Thermo RAW, aby umożliwić wyrównanie dwóch uzupełniających się zestawów danych eksperymentalnych pozyskanych równolegle (tj. Pliki RAW konwencjonalnego systemu akwizycji i dane pozyskane przez zewnętrzny system DAQ) oraz pobieranie parametrów eksperymentalnych ( informacje meta) z plików RAW; o System DAQ powinien obsługiwać szybki transfer danych w przypadku akwizycji dużych zbiorów danych (np. Transjentów lub widm masowych o pełnym profilu) lub ciągłego akwizycji długich stanów nieustalonych (> 10 sekund); o System DAQ będzie przeprowadzał digitalizację danych w dziedzinie czasu (transjentów) z częstotliwością próbkowania co najmniej 200 MHz; o System DAQ powinien być zdolny do jednoczesnego wykonywania akwizycji dwóch (2) stanów przejściowych (pojedynczego stanu nieustalonego na wejściu, dwóch stanów nieustalonych na wyjściu), ze wzmocnieniem sygnału dla każdego stanu nieustalonego określonego przez użytkownika końcowego; o System DAQ powinien obsługiwać format plików danych wyjściowych (transjenty lub widma masowe): HDF5, binarny; o System DAQ powinien składać się z monitora o wysokiej rozdzielczości, klawiatury i myszy. o System DAQ zostanie objęty co najmniej 3-letnią gwarancją i wsparciem serwisowym; 2. Zaawansowane ramy przetwarzania danych FTMS o Obsługuje formaty plików danych wejściowych: .RAW, .DAT, d. Folder, HDF5, MGF i mzXML; o Obsługuje formaty plików wyjściowych: HDF5, MGF, mzXML, mzML, imzML, CSV, XLS, Formularity (TXT); o Umożliwia integrację i płynne przetwarzanie plików .RAW i .HDF5; o Umożliwia wizualizację stanów nieustalonych i widm masowych, wizualne porównanie z oddzielnych zestawów danych; o Umożliwia sumowanie spektralne i przejściowe dla wysokiej czułości i zakresu dynamicznego: uśrednianie danych dla bardzo długich zestawów danych, np. 10 000 skanów; o Obsługuje równania kalibracyjne na skalę masową: - niestandardowe i standardowe prawa kalibracyjne (w tym równania Ledforda, Francl i Makarowa), - operacje wejścia / wyjścia na plikach z parametrami kalibracji masy; - konwersja widm do przodu i do tyłu (skala częstotliwości i m / z), a także pojedynczych wartości (częstotliwość i m / z); i - iteracyjna ponowna kalibracja; o Obsługuje przetwarzanie równoległe na określonej liczbie rdzeni procesora (CPU); o Zawiera graficzny interfejs użytkownika dla wybranych aplikacji, w tym: obrazowania, metabolomiki, petroleomiki, ilościowego oznaczania białka TMT i lipidomiki strzelby; o Obejmuje symulator widm masowych FTMS (koperty wąskopasmowe lub izotopowe oraz szerokopasmowe lub szerokie spektrum mas) z symulacjami przejściowymi do dokładnego porównania danych eksperymentalnych i symulowanych FTMS. 3. Oprogramowanie do analizy danych FTMS, umożliwiające: o tryb absorpcji przetwarzania sygnału transformaty Fouriera dla FTMS; o kwadratowe i niekwadratowe funkcje korekcji faz; o niestandardowe funkcje apodyzacji, aby zminimalizować niepożądane odchylenie linii podstawowej; o obsługa formatów danych wspólnych instrumentów FTMS i oprogramowania; o skonfigurowany do zastosowań petroleomicznych i zgodny ze strukturą Peak-by-Peak; o dodatkowe funkcje: odgórna analiza białek i automatyczne wybieranie pików. 4. Aktualizacje oprogramowania o aktualizacje oprogramowania do akwizycji danych: ważne przez co najmniej 36 miesięcy od daty przyjęcia; o aktualizacje oprogramowania do przetwarzania i analizy danych: ważne przez co najmniej 12 miesięcy od momentu przyjęcia; o rozszerzone aktualizacje oprogramowania do akwizycji danych: dostępne z roczną opłatą serwisową do 10% od ceny zakupu po upływie okresu gwarancji (36 miesięcy), o rozszerzone aktualizacje oprogramowania do przetwarzania danych: dostępne z roczną opłatą serwisową do 10% od ceny zakupu po zakończeniu zawartego okresu (12 miesięcy).

II.5) Główny Kod CPV: 30.23.62.00 - Urządzenia do przetwarzania danych

II.6) Całkowita wartość zamówienia (jeżeli zamawiający podaje informacje o wartości zamówienia):
Wartość bez VAT:
Waluta:

SEKCJA III: PROCEDURA

III.1) Tryb udzielenia zamówienia:

Zamówienie z wolnej ręki

III.2) Podstawa prawna
Postępowanie wszczęte zostało na podstawie 67 ust.1 pkt 1 lit a ustawy Pzp.
III.3 Uzasadnienia wyboru trybu
Należy podać uzasadnienie faktyczne i prawne wyboru trybu oraz wyjaśnić, dlaczego udzielenie zamówienia jest zgodne z przepisami:
Wysokowydajny systemem akwizycji danych FTMS Booster jest unikatową technologią przetwarzania sygnału w czasie rzeczywistym. FTMS Booster umożliwia wizualizację stanów nieustalonych w czasie rzeczywistym i pomaga poprawić czułość, zakres dynamiczny oraz rozdzielczość akwizycji danych. Te ulepszenia są szczególnie ważne w wykrywaniu małych objętości analizowanych próbek, np. immunopeptydów lub innych związków pochodzących z próbek, których objętość jest bardzo ograniczona i bardzo mała. Właśnie ta funkcja FTMS Booster jest niezbędna do planowania przyszłych eksperymentów w celu zwiększenia wydajności oraz poprawy wykrywania i kwantyfikacji w proteomice, która jest przedmiotem naszych badań. FTMS Booster jest kompatybilny z dowolną platformą OrbitrapTM FTMS (LTQ OrbitrapTM, ExactiveTM oraz Seria FusionTM). Międzynarodowe Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi jest wyposażone w spektrometr mas, a dokładnie LTQ OrbitrapTM series MS. Aby sprawdzić czy Wysokowydajny systemem akwizycji danych FTMS Booster może być wykorzystany do szeregu doświadczeń w Międzynarodowym Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi, został wypożyczony na okres 3 miesięcy. W trakcie okresu wypożyczenia, który został przedłużony o kolejne 3 miesiące ze względu na charakter badań i testów, okazało się, iż sprzęt przede wszystkim jest kompatybilny z LTQ OrbitrapTM series MS oraz jest bardzo pomocny w analizie danych, które Międzynarodowe Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi uzyskuje w wyniku przeprowadzonych eksperymentów z użyciem ultra sprawnej chromatografii cieczowej w skali nano-HPLC. Taki rodzaj doświadczeń generuje bardzo duży zbiór danych, tzw. danych surowych, które potem należy przeanalizować. Dodatkowo powołując się na oświadczenie przesłane przez firmę Spectrswiss oraz posiadaną wiedze na temat systemów akwizycji danych Międzynarodowe Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi potwierdza, iż: Spectroswiss jest jedynym dostawcą tego systemu akwizycji danych w Unii Europejskiej. Jedyny inny możliwy sposób uzyskania dostępu do sygnałów w dziedzinie czasu (transjentów) z FTMS Orbitrap to uzyskanie licencji dostępu bezpośrednio od sprzedawcy urządzenia, Thermo Scientific. Jednak w przypadku przyznania dostępu opartego na oprogramowaniu, jakość uzyskanych danych w dziedzinie czasu jest niższa niż przejściowe dane dostarczane z technologią firmy Spectroswiss. Wynika to częściowo z tego, że wbudowany system akwizycji danych urządzenia Orbitrap należy do systemów elektronicznych poprzedniej generacji (nie elektroniki o wysokiej wydajności). Ograniczenia te wynikają również z formatu plików danych, które dostarcza firma Thermo Scientific, tj. DAT, do których brakuje odpowiedniego oprogramowania do przetwarzania danych, szczególnie na przykład w przypadku wykonywania zaawansowanych pomiarów, takich jak eksperymenty z użyciem systemów: LC-MS. W związku z powyższym zastosowanie alternatywnego rozwiązania nie znajduje uzasadnienia z punktu widzenia metod badawczych realizowanego przez Międzynarodowe Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi projektu. Ten rodzaj eksperymentów jest stosowany w pracach badawczych Międzynarodowego Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi (co zostało przetestowane w trakcie wypożyczenia urządzenia). Sprzęt ten posiada zaawansowane ramy przetwarzania danych FTMS. Dodatkowo obsługuje formaty plików danych wejściowych: .RAW, .DAT, d. Folder, HDF5, MGFi mzXML oraz formaty plików wyjściowych: HDF5, MGF, mzXML, mzML, imzML, CSV, XLS, Formularity (TXT). Inne funkcje FTMS Booster: o Umożliwia integrację i płynne przetwarzanie plików .RAW i .HDF5; o Umożliwia wizualizację stanów nieustalonych i widm masowych, wizualne porównanie z oddzielnych zestawów danych; o Umożliwia sumowanie spektralne i przejściowe dla wysokiej czułości i zakresu dynamicznego: uśrednianie danych dla bardzo długich zestawów danych, np. 10 000 skanów;

SEKCJA IV: ZAMIAR UDZIELENIA ZAMÓWIENIA

NAZWA I ADRES WYKONAWCY KTÓREMU ZAMAWIAJĄCY ZAMIERZA UDZIELIĆ ZAMÓWIENIA:

Spectroswiss Sarl, EPFL Innovation Park , , Building I, 1015 Lausanne, Switzerland , , , kraj/woj.