Ogłoszenie o zamówieniu
Usługi
Usługa przetwarzania danych z sekwencjonowania całogenomowego WGS od poziomu surowych plików FASTQ, w celu identyfikacji wrodzonych wariantów pojedynczych nukleotydów oraz wariantów strukturalnych.

SEKCJA I - ZAMAWIAJĄCY

1.1.) Rola zamawiającego

Postępowanie prowadzone jest samodzielnie przez zamawiającego

1.2.) Nazwa zamawiającego: UNIWERSYTET MEDYCZNY W ŁODZI

1.3.) Oddział zamawiającego: UMed w Łodzi

1.4) Krajowy Numer Identyfikacyjny: REGON 473073308

1.5) Adres zamawiającego

1.5.1.) Ulica: al. Kościuszki 4

1.5.2.) Miejscowość: Łódź

1.5.3.) Kod pocztowy: 90-419

1.5.4.) Województwo: łódzkie

1.5.5.) Kraj: Polska

1.5.6.) Lokalizacja NUTS 3: PL711 - Miasto Łódź

1.5.7.) Numer telefonu: 42 272 59 37

1.5.9.) Adres poczty elektronicznej: justyna.piotrowska@umed.lodz.pl

1.5.10.) Adres strony internetowej zamawiającego: http://umed.pl

1.6.) Rodzaj zamawiającego: Zamawiający publiczny - jednostka sektora finansów publicznych - uczelnia publiczna

1.7.) Przedmiot działalności zamawiającego: Edukacja

SEKCJA II – INFORMACJE PODSTAWOWE

2.1.) Ogłoszenie dotyczy:

Zamówienia publicznego

2.2.) Ogłoszenie dotyczy usług społecznych i innych szczególnych usług: Nie

2.3.) Nazwa zamówienia albo umowy ramowej:

Usługa przetwarzania danych z sekwencjonowania całogenomowego WGS od poziomu surowych plików FASTQ, w celu identyfikacji wrodzonych wariantów pojedynczych nukleotydów oraz wariantów strukturalnych.

2.4.) Identyfikator postępowania: ocds-148610-69ec9fae-dddc-4264-a190-e9a8e7a554a1

2.5.) Numer ogłoszenia: 2025/BZP 00222449

2.6.) Wersja ogłoszenia: 01

2.7.) Data ogłoszenia: 2025-05-08

2.8.) Zamówienie albo umowa ramowa zostały ujęte w planie postępowań: Tak

2.9.) Numer planu postępowań w BZP: 2025/BZP 00171230/02/P

2.10.) Identyfikator pozycji planu postępowań:

1.3.10 Usługi bioinformatyczne na potrzeby realizacji Przedsięwzięcia "Unikatowe populacyjne badania całogenomowe pozwalające na prognozowanie ryzyka nowotworzenia oraz wystąpienia powikłań terapii ....

2.11.) O udzielenie zamówienia mogą ubiegać się wyłącznie wykonawcy, o których mowa w art. 94 ustawy: Nie

2.14.) Czy zamówienie albo umowa ramowa dotyczy projektu lub programu współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej: Nie

2.16.) Tryb udzielenia zamówienia wraz z podstawą prawną

Zamówienie udzielane jest w trybie podstawowym na podstawie: art. 275 pkt 1 ustawy

SEKCJA III – UDOSTĘPNIANIE DOKUMENTÓW ZAMÓWIENIA I KOMUNIKACJA

3.1.) Adres strony internetowej prowadzonego postępowania

https://platformazakupowa.pl/pn/umed_lodz

3.2.) Zamawiający zastrzega dostęp do dokumentów zamówienia: Nie

3.4.) Wykonawcy zobowiązani są do składania ofert, wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu, oświadczeń oraz innych dokumentów wyłącznie przy użyciu środków komunikacji elektronicznej: Tak

3.5.) Informacje o środkach komunikacji elektronicznej, przy użyciu których zamawiający będzie komunikował się z wykonawcami - adres strony internetowej: https://platformazakupowa.pl/pn/umed_lodz

3.6.) Wymagania techniczne i organizacyjne dotyczące korespondencji elektronicznej: Komunikacja w postępowaniu o udzielenie zamówienia, w tym składanie ofert, wymiana informacji oraz przekazywanie dokumentów lub oświadczeń między zamawiającym a wykonawcą, z uwzględnieniem wyjątków określonych w ustawie, odbywa się przy użyciu środków komunikacji
elektronicznej za pośrednictwem Platformy i formularzy znajdujących się na stronie danego postępowania. Za datę przekazania (wpływu) oświadczeń, wniosków, zawiadomień oraz informacji przyjmuje się datę ich przesłania za pośrednictwem Platformy poprzez kliknięcie przycisku „Wyślij wiadomość do zamawiającego”, po których pojawi się komunikat, że wiadomość została wysłana do Zamawiającego.Zamawiający będzie przekazywał Wykonawcom informacje przy użyciu środków komunikacji elektronicznej za pośrednictwem Platformy. Informacje dotyczące odpowiedzi na pytania, zmiany specyfikacji, zmiany terminu składania i otwarcia ofert Zamawiający będzie zamieszczał na Platformie w sekcji “Komunikaty”. Korespondencja, której zgodnie z obowiązującymi przepisami adresatem jest konkretny Wykonawca, będzie przekazywana przy użyciu środków komunikacji elektronicznej za pośrednictwem Platformy do konkretnego Wykonawcy.Ofertę wraz z wymaganymi dokumentami należy umieścić na Platformie pod adresem: https://platformazakupowa.pl/pn/umed_lodz na stronie dotyczącej odpowiedniego postępowania. Wykonawca powinien
postępować zgodnie z instrukcją „Instrukcje dla Wykonawców” dostępną na Platformie: https://platformazakupowa.pl/strona/45- instrukcje. 9.5. Zamawiający, zgodnie z § 11 ust. 2 Rozporządzenia PRM z dn30.12.20r. (Dz.U. z 2020poz 2452.) w sprawie sposobu sporządzania i przekazywania informacji oraz wymagań technicznych dla dokumentów elektronicznych oraz środków komunikacji elektronicznej w postępowaniu o udzielenie zamówienia publicznego (dalej, jako „Rozporządzenie") określa niezbędne
wymagania sprzętowo - aplikacyjne umożliwiające pracę na Platformie, tj.:1)Stały dostęp do sieci Internet o gwarantowanej przepustowości nie mniejszej niż 512 kb/s;2)Komputer klasy PC lub MAC, o następującej konfiguracji: pamięć min 2GB Ram, procesor Intel IV 2GHZ lub jego nowsza wersja, jeden z systemów operacyjnych - MS Windows 7, Mac Os x 10.4, Linux, lub ich nowsze wersje;3)Zainstalowana przeglądarka internetowa EDGE, Chrome lub FireFox w najnowszej dostępnej wersji.4)Włączona
obsługa JavaScript;5)Zainstalowany program Adobe Acrobat Reader lub inny obsługujący pliki w formacie pdf;6)Platforma działa według standardu przyjętego w komunikacji sieciowej - kodowanie UTF8;Wśród formatów powszechnych a niewystępujących w rozporządzeniu występują: .rar .gif .bmp .numbers .pages. Dokumenty złożone w takich plikach zostaną uznane za złożone nieskutecznie.Zamawiający nie ponosi odpowiedzialności za złożenie oferty w sposób niezgodny z Instrukcją korzystania z platformazakupowa.pl, w szczególności za sytuację, gdy zamawiający zapozna się z treścią oferty przed upływem terminu składania ofert (np. złożenie oferty w zakładce „Wyślij wiadomość do zamawiającego”). Taka oferta zostanie uznana przez Zamawiającego jako złożona niezgodnie z Ustawą Pzp” i nie będzie brana pod uwagę w przedmiotowym postępowaniu ponieważ nie został spełniony obowiązek narzucony w art. 221 Ustawy Prawo Zamówień Publicznych. Pozostałe informacje zawarte są w pkt 9 SWZ

3.8.) Zamawiający wymaga sporządzenia i przedstawienia ofert przy użyciu narzędzi elektronicznego modelowania danych budowlanych lub innych podobnych narzędzi, które nie są ogólnie dostępne: Nie

3.12.) Oferta - katalog elektroniczny: Nie dotyczy

3.14.) Języki, w jakich mogą być sporządzane dokumenty składane w postępowaniu:

polski

SEKCJA IV – PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA

4.1.) Informacje ogólne odnoszące się do przedmiotu zamówienia.

4.1.1.) Przed wszczęciem postępowania przeprowadzono konsultacje rynkowe: Nie

4.1.2.) Numer referencyjny: ZP/49/2025

4.1.3.) Rodzaj zamówienia: Usługi

4.1.4.) Zamawiający udziela zamówienia w częściach, z których każda stanowi przedmiot odrębnego postępowania: Nie

4.1.8.) Możliwe jest składanie ofert częściowych: Tak

4.1.9.) Liczba części: 2

4.1.10.) Ofertę można składać na wszystkie części

4.1.11.) Zamawiający ogranicza liczbę części zamówienia, którą można udzielić jednemu wykonawcy: Nie

4.1.13.) Zamawiający uwzględnia aspekty społeczne, środowiskowe lub etykiety w opisie przedmiotu zamówienia: Nie

4.2. Informacje szczegółowe odnoszące się do przedmiotu zamówienia:

Część 1

4.2.2.) Krótki opis przedmiotu zamówienia

Przedmiotem zamówienia niniejszego postępowania jest: „Usługa przetwarzania danych z sekwencjonowania całogenomowego WGS od poziomu surowych plików FASTQ, w celu identyfikacji wrodzonych wariantów pojedynczych nukleotydów oraz wariantów strukturalnych powiązanych z nowotworzeniem i toksycznościami terapii w ostrej białaczce limfoblastycznej (ALL) u 730 pacjentów” w ramach zadania "Unikatowe populacyjne badania całogenomowe pozwalające na prognozowanie ryzyka nowotworzenia oraz wystąpienia powikłań terapii onkologicznej w kohorcie pacjentów pediatrycznych leczonych z powodu ostrej białaczki limfoblastycznej jednolitym protokołem cALL-POL” (akronim PREDICT) w ramach Krajowego Planu Odbudowy i Zwiększania Odporności, Komponent D Efektywność, dostępność i jakość systemu ochrony zdrowia, Inwestycja D3.1.1 Kompleksowy rozwój badań w zakresie nauk medycznych i nauk o zdrowiu, Umowa nr 2024/ABM/03/KPO/KPOD.07.07-IW.07-0156/24-00
Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia – stanowi:Załącznik nr 2 – Opis przedmiotu zamówienia. Wykonawca zobowiązany jest zrealizować zamówienie na zasadach i warunkach opisanych we wzorze umowy stanowiącym Załącznik nr 4 do SWZ.

4.2.6.) Główny kod CPV: 72316000-3 - Usługi analizy danych

4.2.8.) Zamówienie obejmuje opcje: Nie

4.2.10.) Okres realizacji zamówienia albo umowy ramowej: 285 dni

4.2.11.) Zamawiający przewiduje wznowienia: Nie

4.2.13.) Zamawiający przewiduje udzielenie dotychczasowemu wykonawcy zamówień na podobne usługi lub roboty budowlane: Nie

4.3.) Kryteria oceny ofert:

4.3.1.) Sposób oceny ofert: Najkorzystniejszą ofertą będzie oferta, która przedstawia najkorzystniejszy bilans ceny i innych kryteriów odnoszących się do przedmiotu zamówienia publicznego:

4.3.2.) Sposób określania wagi kryteriów oceny ofert: Punktowo

4.3.3.) Stosowane kryteria oceny ofert: Kryterium ceny oraz kryteria jakościowe

Kryterium 1

4.3.5.) Nazwa kryterium: Cena

4.3.6.) Waga: 80

Kryterium 2

4.3.4.) Rodzaj kryterium: organizacja, kwalifikacje zawodowe i doświadczenie osób wyznaczonych do realizacji zamówienia

4.3.5.) Nazwa kryterium: Doświadczenie osoby skierowanej do wykonywania zadania- Ilość Publikacji

4.3.6.) Waga: 20

4.3.10.) Zamawiający określa aspekty społeczne, środowiskowe lub innowacyjne, żąda etykiet lub stosuje rachunek kosztów cyklu życia w odniesieniu do kryterium oceny ofert: Nie

Część 2

4.2.2.) Krótki opis przedmiotu zamówienia

Przedmiotem zamówienia niniejszego postępowania jest: „Usługa przetwarzania danych z sekwencjonowania całogenomowego WGS od poziomu surowych plików FASTQ, w celu identyfikacji wrodzonych wariantów pojedynczych nukleotydów oraz wariantów strukturalnych powiązanych z nowotworzeniem i toksycznościami terapii w ostrej białaczce limfoblastycznej (ALL) u 730 pacjentów” w ramach zadania "Unikatowe populacyjne badania całogenomowe pozwalające na prognozowanie ryzyka nowotworzenia oraz wystąpienia powikłań terapii onkologicznej w kohorcie pacjentów pediatrycznych leczonych z powodu ostrej białaczki limfoblastycznej jednolitym protokołem cALL-POL” (akronim PREDICT) w ramach Krajowego Planu Odbudowy i Zwiększania Odporności, Komponent D Efektywność, dostępność i jakość systemu ochrony zdrowia, Inwestycja D3.1.1 Kompleksowy rozwój badań w zakresie nauk medycznych i nauk o zdrowiu, Umowa nr 2024/ABM/03/KPO/KPOD.07.07-IW.07-0156/24-00
Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia – stanowi:Załącznik nr 2 – Opis przedmiotu zamówienia. Wykonawca zobowiązany jest zrealizować zamówienie na zasadach i warunkach opisanych we wzorze umowy stanowiącym Załącznik nr 4 do SWZ.

4.2.6.) Główny kod CPV: 72316000-3 - Usługi analizy danych

4.2.8.) Zamówienie obejmuje opcje: Nie

4.2.10.) Okres realizacji zamówienia albo umowy ramowej: 285 dni

4.2.11.) Zamawiający przewiduje wznowienia: Nie

4.2.13.) Zamawiający przewiduje udzielenie dotychczasowemu wykonawcy zamówień na podobne usługi lub roboty budowlane: Nie

4.3.) Kryteria oceny ofert:

4.3.1.) Sposób oceny ofert: Najkorzystniejszą ofertą będzie oferta, która przedstawia najkorzystniejszy bilans ceny i innych kryteriów odnoszących się do przedmiotu zamówienia publicznego:

4.3.2.) Sposób określania wagi kryteriów oceny ofert: Punktowo

4.3.3.) Stosowane kryteria oceny ofert: Kryterium ceny oraz kryteria jakościowe

Kryterium 1

4.3.5.) Nazwa kryterium: Cena

4.3.6.) Waga: 80

Kryterium 2

4.3.4.) Rodzaj kryterium: organizacja, kwalifikacje zawodowe i doświadczenie osób wyznaczonych do realizacji zamówienia

4.3.5.) Nazwa kryterium: Doświadczenie osoby skierowanej do wykonywania zadania- Ilość Publikacji

4.3.6.) Waga: 20

4.3.10.) Zamawiający określa aspekty społeczne, środowiskowe lub innowacyjne, żąda etykiet lub stosuje rachunek kosztów cyklu życia w odniesieniu do kryterium oceny ofert: Nie

SEKCJA V - KWALIFIKACJA WYKONAWCÓW

5.1.) Zamawiający przewiduje fakultatywne podstawy wykluczenia: Nie

5.3.) Warunki udziału w postępowaniu: Tak

5.4.) Nazwa i opis warunków udziału w postępowaniu.

Dla pakietu 1 i 2
Wykonawca spełni warunek dotyczący zdolności technicznej lub zawodowej, o którym mowa w ust. 5.2 pkt 1 lit. d) SWZ, jeżeli Wykonawca wykaże, że w okresie ostatnich 5 lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy – w tym okresie, wykonał należycie co najmniej jedną usługę analizy bioinformatycznej polegającą na analizie danych pochodzących z sekwencjonowania WGS dotyczącym nowotworów limfoidalnych w projektach genomicznych dotyczących nowotworów limfoidalnych.

5.5.) Zamawiający wymaga złożenia oświadczenia, o którym mowa w art.125 ust. 1 ustawy: Tak

5.6.) Wykaz podmiotowych środków dowodowych na potwierdzenie niepodlegania wykluczeniu: W celu potwierdzenia braku podstaw wykluczenia Wykonawcy z udziału w postępowaniu zamawiający żąda następujących podmiotowych środków dowodowych:
a) Oświadczenia wykonawcy o aktualności informacji zawartych w oświadczeniu, o którym mowa w art. 125 ust. 1 ustawy, w zakresie podstaw wykluczenia z postępowania wskazanych przez zamawiającego, o których mowa w:
• art. 108 ust. 1 pkt 3 ustawy,
• art. 108 ust. 1 pkt 4 ustawy, dotyczących orzeczenia zakazu ubiegania się o zamówienie publiczne tytułem środka zapobiegawczego,
• art. 108 ust. 1 pkt 5 ustawy, dotyczących zawarcia z innymi wykonawcami porozumienia mającego na celu zakłócenie konkurencji,
• art. 108 ust. 1 pkt 6 ustawy,
Zgodnie z załącznikiem nr 6 do SWZ;

5.7.) Wykaz podmiotowych środków dowodowych na potwierdzenie spełniania warunków udziału w postępowaniu: W celu potwierdzenia spełniania warunków dotyczących zdolności technicznej lub zawodowej określonych w ust. 5.3 pkt 4) SWZ zamawiający żąda od Wykonawcy:
a) wykaz usług wykonanych, a w przypadku świadczeń powtarzających się lub ciągłych również wykonywanych, w okresie ostatnich 5 lat, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy – w tym okresie, wraz z podaniem ich wartości, przedmiotu, dat wykonania i podmiotów, na rzecz których usługi zostały wykonane lub są wykonywane, oraz załączeniem dowodów określających, czy te usługi zostały wykonane lub są wykonywane należycie, przy czym dowodami, o których mowa, są referencje bądź inne dokumenty sporządzone przez podmiot, na rzecz którego usługi zostały wykonane, a w przypadku świadczeń powtarzających się lub ciągłych są wykonywane, a jeżeli wykonawca z przyczyn niezależnych od niego nie jest w stanie uzyskać tych dokumentów - oświadczenie wykonawcy; w przypadku świadczeń powtarzających się lub ciągłych nadal wykonywanych referencje bądź inne dokumenty potwierdzające ich należyte wykonywanie powinny być wystawione w okresie ostatnich 3 miesięcy. Wzór stanowi załącznik nr 5 do SWZ.

SEKCJA VI - WARUNKI ZAMÓWIENIA

6.1.) Zamawiający wymaga albo dopuszcza oferty wariantowe: Nie

6.3.) Zamawiający przewiduje aukcję elektroniczną: Nie

6.4.) Zamawiający wymaga wadium: Nie

6.5.) Zamawiający wymaga zabezpieczenia należytego wykonania umowy: Nie

6.6.) Wymagania dotyczące składania oferty przez wykonawców wspólnie ubiegających się o udzielenie zamówienia:

Wykonawcy wspólnie ubiegający się o udzielenie zamówienia ustanawiają pełnomocnika do reprezentowania ich w postępowaniu o udzielenie zamówienia albo reprezentowania w postępowaniu i zawarcia umowy w sprawie zamówienia publicznego. Oryginał pełnomocnictwa opatrzony kwalifikowanym podpisem elektronicznym lub podpisem zaufanym lub podpisem osobistym przez wykonawców ubiegających się wspólnie o udzielenie zamówienia lub cyfrowe odwzorowanie dokumentu, należy dołączyć do oferty. Jeżeli pełnomocnictwo jest sporządzone w postaci papierowej i opatrzone własnoręcznym podpisem, poświadczenia zgodności cyfrowego odwzorowania dokonuje mocodawca (kwalifikowanym podpisem elektronicznym lub podpisem zaufanym lub podpisem osobistym) lub notariusz (kwalifikowanym podpisem elektronicznym). Pełnomocnictwo w szczególności zawiera informacje dotyczące:
• postępowania o zamówienie publiczne, którego dotyczą,
• wszystkich wykonawców ubiegających się wspólnie o udzielenie zamówienia wymienionych z nazwy z określeniem adresu siedziby,
• ustanowionego pełnomocnika oraz zakresu jego umocowania. Wszelka korespondencja prowadzona będzie przez Zamawiającego wyłącznie z pełnomocnikiem. Przepisy dotyczące wykonawcy stosuje się odpowiednio do wykonawców wspólnie ubiegających się o udzielenie zamówienia. Jeżeli oferta wykonawców wspólnie ubiegających się o udzielenie zamówienia zostanie wybrana, Zamawiający może żądać przed zawarciem umowy w sprawie zamówienia publicznego, umowy regulującej współpracę tych wykonawców

6.7.) Zamawiający przewiduje unieważnienie postępowania, jeśli środki publiczne, które zamierzał przeznaczyć na sfinansowanie całości lub części zamówienia nie zostały przyznane: Nie

SEKCJA VII - PROJEKTOWANE POSTANOWIENIA UMOWY

7.1.) Zamawiający przewiduje udzielenia zaliczek: Nie

7.3.) Zamawiający przewiduje zmiany umowy: Tak

7.4.) Rodzaj i zakres zmian umowy oraz warunki ich wprowadzenia:

1. Zamawiający przewiduje w celu należytego wykonania umowy możliwość zmiany jej postanowień w stosunku do treści oferty Wykonawcy, w tym zmianę terminu wykonania przedmiotu umowy, zmianę wysokości wynagrodzenia Wykonawcy, w szczególności w wypadku spełnienia jednego z następujących warunków:
a) w sytuacji zaistnienia siły wyższej;
b) gdy konieczność zmiany spowodowana jest zaistnieniem niezawinionych przez strony okoliczności, których nie można było przy dołożeniu należytej staranności przewidzieć w chwili zawarcia umowy, a które uniemożliwiają prawidłowe wykonanie przedmiotu umowy;
c) utraty przez Zamawiającego źródła finansowania zamówienia w całości lub części, jak również w przypadku przesunięcia źródeł finansowania zamówienia;
d) zmian po zawarciu umowy przepisów prawa lub wprowadzenia nowych przepisów prawa powodujących konieczność zmiany, modyfikacji lub odstępstwa w odniesieniu do przedmiotu zamówienia;
e) wystąpienie nie dającej się przewidzieć, mimo dołożenia należytej staranności, potrzeby realizacji usługi, której wykonanie jest konieczne dla ukończenia przedmiotu niniejszej umowy, a która nie jest objęta przedmiotem niniejszej umowy;
f) powstania możliwości zastosowania nowszych rozwiązań organizacyjnych, technologicznych lub technicznych – niż rozwiązania istniejące w dacie zawarcia niniejszej umowy – które będą odpowiadały celom i wymaganiom Zamawiającego określonym w Opisie przedmiotu zamówienia, a okażą się korzystniejsze z punktu widzenia okresu realizacji niniejszej umowy i/lub kosztów realizacji niniejszej umowy.
2. Wystąpienie którejkolwiek z wymienionych w ust. 1 powyżej okoliczności nie stanowi zobowiązania Zamawiającego do dokonania zmian postanowień umowy ani nie może stanowić podstawy roszczeń Wykonawcy do dokonania takich zmian.
3. Ewentualna zmiana postanowień umowy nastąpi z uwzględnieniem wpływu, jaki wywiera wystąpienie okoliczności uzasadniającej modyfikację na dotychczasowy kształt zobowiązania umownego.

7.5.) Zamawiający uwzględnił aspekty społeczne, środowiskowe, innowacyjne lub etykiety związane z realizacją zamówienia: Nie

SEKCJA VIII – PROCEDURA

8.1.) Termin składania ofert: 2025-05-16 12:00

8.2.) Miejsce składania ofert: https://platformazakupowa.pl/pn/umed_lodz

8.3.) Termin otwarcia ofert: 2025-05-16 12:30

8.4.) Termin związania ofertą: do 2025-06-14