Ogłoszenie nr 30345 - 2017 z dnia 2017-02-22 r.

Poznań: Usługa sekwencjonowania metodą MACE dla Instytutu Genetyki Roślin PAN w Poznaniu
OGŁOSZENIE O UDZIELENIU ZAMÓWIENIA -

Zamieszczanie ogłoszenia: obowiązkowe.

Ogłoszenie dotyczy: zamówienia publicznego

Zamówienie dotyczy projektu lub programu współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej

nie

Zamówienie było przedmiotem ogłoszenia w Biuletynie Zamówień Publicznych: nie

Ogłoszenie o zmianie ogłoszenia zostało zamieszczone w Biuletynie Zamówień Publicznych: nie

SEKCJA I: ZAMAWIAJĄCY

Postępowanie zostało przeprowadzone przez centralnego zamawiającego

nie

nie

nie

nie

I. 1) NAZWA I ADRES: Instytut Genetyki Roślin Polskiej Akademii Nauk, krajowy numer identyfikacyjny 32620400000, ul. ul. Strzeszyńska  34, 60479   Poznań, państwo Polska, woj. wielkopolskie, tel. 61 6550200, 6550275, faks 616 550 301, e-mail office@igr.poznan.pl
Adres strony internetowej (URL): www.igr.poznan.pl

I. 2) RODZAJ ZAMAWIAJĄCEGO:

Inny: Instytut Naukowy Polskiej Akademii Nauk

I.3) WSPÓLNE UDZIELANIE ZAMÓWIENIA (jeżeli dotyczy):

Podział obowiązków między zamawiającymi w przypadku wspólnego udzielania zamówienia, w tym w przypadku wspólnego przeprowadzania postępowania z zamawiającymi z innych państw członkowskich Unii Europejskiej (jeżeli zamówienie zostało udzielone przez każdego z zamawiających indywidualnie informacja w sekcji I jest podawana przez każdego z zamawiających, jeżeli zamówienie zostało udzielone w imieniu i na rzecz pozostałych zamawiających w sekcji I należy wskazać który z zamawiających zawarł umowę):

SEKCJA II: PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA

II.1) Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:

Usługa sekwencjonowania metodą MACE dla Instytutu Genetyki Roślin PAN w Poznaniu

IGR/ZP/272/2/2016

Usługi

1. Przedmiotem zamówienia jest usługa sekwencjonowania metodą MACE dla Instytutu Genetyki Roślin PAN w Poznaniu. 2. Opis przedmiotu zamówienia Materiał Opcje Ilość Techniki RNA genotypowanie przez sekwencjonowanie - metoda MACE (ang. massive analysis of cDNA ends - wysokoprzepustowa analiza końców cDNA) 220 prób wstępna ocena jakości przygotowanie bibliotek sekwencjonowanie mapowanie odczytów adnotacja sekwencji identyfikacja polimorfizmu 3. Wymagania zamawiającego ? Czas wykonania zlecenia od momentu dostarczenie próbek wykonawcy przez Zamawiającego - 6 miesięcy; ? Zamawiający będzie posiadał na stronie internetowej wykonawcy swoje indywidualne spersonalizowane konto z hasłem znanym tylko zamawiającemu i wykonawcy. Za pośrednictwem konta zamawiający będzie mógł uzyskać dostęp do wyników sekwencjonowania i analizy bioinformatycznej uzyskanych sekwencji. Zamawiający dopuszcza rozwiązania techniczne równoważne w zakresie możliwości śledzenia procesowania próbek. UWAGA! Ilości wskazane w pkt 2 niniejszego rozdziału są wielkościami szacunkowymi ustalonymi na podstawie zapotrzebowania, przyjętymi dla celu porównania ofert i wyboru najkorzystniejszej oferty i mogą one ulec zmianie w trakcie realizacji zamówienia, ale ogólna wartość realizowanych usług nie przekroczy kwoty zapisanej w umowie. Wykonawca będzie realizował zamówienie po cenach jednostkowych zawartych w ofercie. Wykonawcy, z którym zamawiający podpisze umowę nie służy roszczenie o realizację usługi w wielkościach podanych przez zamawiającego. 4. Szczegółowy opis warunków realizacji przedmiotu zamówienia zawarty jest we wzorze umowy stanowiącym załącznik nr 3 do IWZ.

II.5) Główny Kod CPV: 73110000-6
Dodatkowe kody CPV:

SEKCJA III: PROCEDURA

III.1) TRYB UDZIELENIA ZAMÓWIENIA

Zamówienie z wolnej ręki

III.2) Ogłoszenie dotyczy zakończenia dynamicznego systemu zakupów

III.3) Informacje dodatkowe:

SEKCJA IV: UDZIELENIE ZAMÓWIENIA

IV.9) UZASADNIENIE UDZIELENIA ZAMÓWIENIA W TRYBIE NEGOCJACJI BEZ OGŁOSZENIA, ZAMÓWIENIA Z WOLNEJ RĘKI ALBO ZAPYTANIA O CENĘ

IV.9.1) Podstawa prawna
Postępowanie prowadzone jest w trybie  zamówienia z wolnej ręki  na podstawie art. 67 ust. 1b  ustawy Pzp.

IV.9.2) Uzasadnienia wyboru trybu
Należy podać uzasadnienie faktyczne i prawne wyboru trybu oraz wyjaśnić, dlaczego udzielenie zamówienia jest zgodne z przepisami.
W projekcie do genotypowania przez sekwencjonowanie wybrano metodę MACE (ang. massive analysis of cDNA ends - wysokoprzepustowa analiza końców cDNA). Metoda MACE pozwala na wygenerowanie znacznej liczby sekwencyjnie zdefiniowanych markerów typu SNP (ang. single nucleotide polymorphism - polimorfizm pojedynczego nukleotydu) (ok. 10-15 tys.). Ze względu na zakotwiczenie w sekwencjach cDNA, uzyskane markery pochodzą głównie z regionów genomu łubinu bogatych w geny, nie zawierających repetytywnego DNA. Takie markery, ze względu na swoją niezależność od tła genetycznego, mogą być stosowane w szerokim spektrum monitorowanych materiałów hodowlanych. Metoda MACE została opracowana przez firmę GenXpro GmbH (Frankfurt Innovation Center Biotechnology, Altenhöferallee 3, 60438 Frankfurt Main, Niemcy) i nie została udostępniona innym podmiotom. Ponadto, firma GenXpro GmBH opracowała protokół do identyfikacji polimorfizmu SNP - TranSNiPtomics, używany przy analizie danych uzyskanych w wyniku MACE. Do dnia sporządzenia uzasadnienia ukazało się 5 publikacji dotyczących badań z użyciem MACE i we wszystkich usługodawcą MACE była firma GenXpro GmBH. 1. Bojahr J, Nhengiwa O, Krezdorn N, Rotter B, Saal B, Ruge-Wehling B, Struck C, Winter P (2016) Massive analysis of cDNA ends (MACE) reveals a co-segregating candidate gene for LpPg1 stem rust resistance in perennial ryegrass (Lolium perenne). Theor Appl Genet 129:1915-1932 2. Fondevilla S, Krezdorn N, Rotter B, Kahl G, Winter P (2015) In planta Identification of Putative Pathogenicity Factors from the Chickpea Pathogen Ascochyta rabiei by De novo Transcriptome Sequencing Using RNA-Seq and Massive Analysis of cDNA Ends. Frontiers in microbiology 6:1329 3. Kahl G, Molina C, Rotter B, Jüngling R, Frank A, Krezdorn N, Hoffmeier K, Winter P (2012) Reduced representation sequencing of plant stress transcriptomes. Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology 21:119-127 4. Nold-Petry CA, Lo CY, Rudloff I, Elgass KD, Li S, Gantier MP, Lotz-Havla AS, Gersting SW, Cho SX, Lao JC, Ellisdon AM, Rotter B, Azam T, Mangan NE, Rossello FJ, Whisstock JC, Bufler P, Garlanda C, Mantovani A, Dinarello CA, Nold MF (2015) IL-37 requires the receptors IL-18Ralpha and IL-1R8 (SIGIRR) to carry out its multifaceted anti-inflammatory program upon innate signal transduction. Nat Immunol 16:354-365 5. Zawada AM, Rogacev KS, Muller S, Rotter B, Winter P, Fliser D, Heine GH (2014) Massive analysis of cDNA Ends (MACE) and miRNA expression profiling identifies proatherogenic pathways in chronic kidney disease. Epigenetics 9:161-172 Zgodnie z powyższym wyjaśnieniem, aktualnie jedynym wykonawcą usługi MACE jest firma GenXpro GmBH.