Gdańsk: Dostawa termocyklera do real-time PCR LightCycler 96.
Numer ogłoszenia: 121678 - 2015; data zamieszczenia: 22.05.2015
OGŁOSZENIE O ZAMIARZE ZAWARCIA UMOWY - Dostawy

SEKCJA I: ZAMAWIAJĄCY

I. 1) NAZWA I ADRES: Uniwersytet Gdański, ul. Bażyńskiego 1A, 80-952 Gdańsk, woj. pomorskie, tel. 058 5232344, faks 058 5232484, 5523741 , strona internetowa www.univ.gda.pl

I. 2) RODZAJ ZAMAWIAJĄCEGO: Uczelnia publiczna.

SEKCJA II: PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA

II.1) Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego: Dostawa termocyklera do real-time PCR LightCycler 96..

II.2) Rodzaj zamówienia: Dostawy.

II.3) Określenie przedmiotu oraz wielkości lub zakresu zamówienia: 1. Urządzenie umożliwiające przeprowadzanie ilościowej reakcji PCR w czasie rzeczywistym z użyciem barwników fluorescencyjnych 2. Jednoczesna amplifikacja i detekcja do 96 prób na płytkach 96-dołkowych lub paskach/stripach (po 8 probówek). 3. Zakres objętości mieszaniny reakcyjnej, w której można przeprowadzić reakcję PCR: 10 - 50?l. 4. Szybkość nagrzewania bloku do 4,4°C / sek. 5. Szybkość chłodzenia bloku do 2,2°C / sek. 6. Zakres temperatur bloku: 37 - 98°C 7. Średnie STD powtórzeń dla punktów w zakresie stężeń 1-10E9 równy mniej niż 0.2 Cq 8. Homogenność termiczna bloku: ?0,3°C 9. Dokładność termiczna: ?0,2°C 10. Materiał z jakiego wykonana jest powierzchnia bloku: srebro 11. Blok z opcją gradientu a. zakres nastawialnej temperatury dla reakcji z wykorzystaniem opcji gradientu: maksymalnie 20°C (w całkowitym zakresie temperatur 37 - 98°C) b. Możliwość uzyskania w trakcie reakcji 12 różnych temperatur w obrębie płytki 96 dołkowej 12. Wzbudzenie: pojedyncza dioda LED zainstalowana na stałe w aparacie (brak elementów ruchomych związanych z elementem wzbudzenia aparatu) a. Jednoczesne wzbudzenie fluorescencji wszystkich prób 13. System detekcyjny: kamera CCD a. czas pomiaru fluorescencji wszystkich prób przez kamerę CCD w trybie dynamicznym w zakresie: 10 ms - 1 sek. b. czas pomiaru fluorescencji prób przez kamerę CCD w trybie manualnym: do 4 sek. 14. Analiza krzywej topnienia - ciągły, nieprzerwany i jednoczesny pomiar fluorescencji wszystkich prób w ustalonym zakresie temperatur. 15. Aparat wyposażony w cztery kanały detekcji o następującym układzie filtrów wzbudzających/detekcyjnych: - 1. 470 / 514nm - 2. 533 / 572nm - 3. 577 / 620nm - 4. 645 / 697,5nm 16. Przekazywanie sygnału fluorescencyjnego z prób do systemu detekcyjnego za pośrednictwem światłowodów. 17. Urządzenie nie wymaga przeprowadzania żadnych okresowych kalibracji systemu optycznego związanych z wykorzystaniem różnych barwników fluorescencyjnych lub stosowanych rodzajów analiz w celu zapewnienia optymalnego działania. 18. Urządzenie nie wymagające normalizacji z barwnikiem referencyjnym typu Rox. 19. Urządzenie wyposażone w ekran dotykowy umożliwiający sterowanie/programowanie bez pośrednictwa komputera. 20. Możliwość sterowania aparatem bez podłączania do komputera, w zakresie: - możliwość dodawania cykli w czasie trwania reakcji - możliwość otrzymania informacji o zakończeniu reakcji drogą elektroniczną (na podany adres e-mail) - możliwość wprowadzania protokołów reakcji poprzez wbudowany w urządzenie port USB 21. System umożliwiający analizę kwasów nukleinowych przy pomocy różnych barwników i sond molekularnych barwnik interkalujący SYBR Green I, barwnik interkalujący typu LC Green, ResoLight Dye czy Sonda hydrolizująca typu TaqManR 22. Oprogramowanie urządzenia wyposażone w dedykowane moduły do analizy: - ilościowej - analiza bezwzględna - ilościowej - analiza względna umożliwiająca pomiar poziomu ekspresji w oparciu o: 1. krzywą standardową 2. ręcznie wprowadzoną wartością wydajności 3. Możliwość zdefiniowania próbki jako run calibrator i study calibrator celem wyznaczenia stosunku znormalizowanego i wyskalowanego. - genotypowania typu end-point - krzywą topnienia - High Resolution Melting (HRM) / Gene Scanning (analiza mutacji/SNP) z możliwością automatycznego grupowania prób o podobnym profilu - do analizy jakościowej (wykrywanie obecności badanego DNA bez określania parametrów ilościowych; możliwość dodania kontroli wewnętrznej reakcji) 23. Możliwość ustalenia przy analizie prób wartości fluorescencji punktu końcowego (EPF) czyli progu odcięcia dla prób pozytywnych (bez zmiany wartości Cq dla prób). 24. Możliwość podglądu wyników wykonanego eksperymentu pod postacią Mapy ciepła: - szybka ocena rozkładu wyników w obrębie analizowanych prób (m.in. rozkład prób pozytywnych/negatywnych, rozkład wartości Cq, stężenia, fluorescencji punktu końcowego oraz genotypów - w zależności od wykonanej analizy). 25. Możliwość importu / eksportu informacji o próbach do / z oprogramowania z wykorzystaniem plików o formatach *.txt oraz *.csv oraz możliwość eksportu wykresów w formatach *.png, *.gif i *.txt 26. Możliwość eksportu wyników w postaci plików w formacie *.txt. 27. Eksport plików / eksperymentów w formacie: - *.rdml (możliwość otworzenia pliku zawierającego informacje o eksperymencie w zewnętrznym oprogramowaniu do analizy danych) 28. Możliwość obserwowania przeprowadzanej reakcji PCR na bieżąco podczas jej trwania (online) zarówno w postaci krzywych fluorescencji jak i fluorescencyjnej Mapy ciepła 29. Możliwość zestawienia wyników z różnych eksperymentów w jednym pliku w formacie *.txt 30. Możliwość utworzenia pliku z podsumowaniem reakcji PCR (m.in. parametry reakcji PCR, opis próbek, wyniki, wykresy) w formacie *.html 31. Urządzenie spełnia wytyczne MIQE 32. Możliwość zdalnego serwisu. 33. Dostępność opracowanych przez producenta procedur kwalifikacji instalacyjnej i operacyjnej aparatu. 34. Dostępność w ofercie katalogowej gotowych zestawów/bibliotek sond molekularnych umożliwiających analizę cDNA bakteryjnego: - projektowania reakcji za pośrednictwem darmowego oprogramowania dostępnego online, - otrzymania potwierdzenia działania zaprojektowanego układu w formie elektronicznej/papierowej, z uwzględnieniem informacji na temat specyficzności reakcji (zdjęcie żelu) 35. Producent zobowiązuje się do dostarczenia odczynników startowych niezbędnych do instalacji sprzętu i przeprowadzenia szkolenia..

II.4) Wspólny Słownik Zamówień (CPV): 38.50.00.00 - Aparatura kontrolna i badawcza .

II.5) Szacunkowa wartość zamówienia (bez VAT): jest mniejsza niż kwoty określone w przepisach wydanych na podstawie art. 11 ust. 8 ustawy.

SEKCJA III: PROCEDURA

Tryb udzielenia zamówienia: Zamówienie z wolnej ręki

• 1. Podstawa prawna

  Postępowanie wszczęte zostało na podstawie art. 67 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. - Prawo zamówień publicznych.

• 2. Uzasadnienie wyboru trybu

  Zamówienie z wolnej ręki na podstawie art. 67 ust. 1 pkt 1 a ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. Prawo zamówień publicznych (tekst jednolity Dz. U. z 2013r. poz. 907 ze zm.)- zwana dalej ustawą. Zgodnie z powołanym przepisem Zamawiający może udzielić zamówienia z wolnej ręki, z przyczyn technicznych o obiektywnym charakterze. Real-time PCR jest bardzo czułą techniką, umożliwiającą między innymi badanie ekspresji genów. Poziom ekspresji genów odczytywany jest w czasie rzeczywistym przy zastosowaniu znaczników fluorescencyjnych. Dokładna detekcja fluorescencji jest kluczowa i jej wartość bezwzględna jest różna dla różnych modeli termocyklerów real-time PCR, dlatego między innymi istotne jest przeprowadzanie całego bloku doświadczeń na jednym modelu. W posiadaniu Wydziału Biologii znajdują się 2 aparaty LightCycler firmy Roche. Pracownicy naukowi Wydziału Biologii przeprowadzili wstępne badania ekspresji genów kodujących proteazy i białka opiekuńcze fitopatogennych bakterii z rodzaju Dickeya na tych właśnie aparatach. Dzięki temu możliwe było zoptymalizowanie warunków reakcji, niezbędne dla przeprowadzenia dalszych doświadczeń w ramach przyznanego grantu. Aparat LightCycler jest kompatybilny z wydziałowymi aparatami Dołączone oprogramowanie do analizy danych wykorzystuje te same algorytmy w przypadku obu aparatów, można stosować te same odczynniki i płytki 96-dołkowe. Zmiana odczynników i używanych plastików ma wpływ na wartości bezwzględne uzyskanych wyników, a nie wszystkie odczynniki i plastiki są kompatybilne z wszystkimi modelami termocyklerów do real-time PCR. Ponadto aparaty posiadają funkcję gradientu temperaturowego, co umożliwia przeprowadzenie reakcji w kilku temperaturach jednocześnie. Pomiar fluorescencji wszystkich badanych prób następuje równocześnie. Bloki grzejne wykonane są ze srebra, co gwarantuje jednorodny rozkład temperatury w całym bloku, nawet na jego brzegach. Odpowiednia wartość temperatury jest niezwykle istotna i wpływa na specyficzność i wydajność reakcji. Blok wykonany ze srebra gwarantuje ta samą wartość temperatury w środku jak i na brzegach bloku zwiększając istotnie szansę na powtarzalność wyników. W przypadku braku dostępności do aparatu ze względu na dużą jego eksploatację w ramach trwania projektu lub w razie jego awarii będzie możliwe przeprowadzanie doświadczeń na aparatach znajdujących się w Katedrze Biologii Molekularnej z gwarancją powtarzalności wyników. Przyspieszy to znacznie postępy w realizacji grantu NCN i istotnie ułatwi pracę osób zaangażowanych w projekt jak również innych pracowników Wydziału Biologii chcących skorzystać z LightCyclera. Firma Roche jest jedynym i wyłącznym producentem i przedstawicielem oferującym termocyklery do real-time PCR -LightCycyler.

SEKCJA IV: UDZIELENIE ZAMÓWIENIA

NAZWA I ADRES WYKONAWCY KTÓREMU ZAMAWIAJĄCY ZAMIERZA UDZIELIĆ ZAMÓWIENIA

• Roche Diagnostics Polska Sp. z o.o., Wybrzeże Gdańskie 6B, 01-531 Warszawa, kraj/woj. mazowieckie.